Pemerintah Hindia Belanda menugaskan F. C. Wilsen, seorang insinyur pejabat Belanda bidang teknik untuk mempelajari monumen ini dan ia juga menggambar ratusan sketsa relief. J.F.G. Brumund juga ditunjuk untuk melakukan penelitian lebih terperinci atas monumen ini, yang pada akhirnya dirampungkan pada 1859. Pemerintah berencana menerbitkan artikel berdasarkan penelitian Brumund yang dilengkapi sketsa-sketsa karya Wilsen, tetapi Brumund menolak untuk bekerja sama. Sehingga pemerintah Hindia Belanda kemudian menugaskan ilmuwan lain, yaitu C. Leemans yang mengkompilasi monografi berdasarkan sumber dari Brumund dan Wilsen.

Pada tahun 1873, monograf pertama dan penelitian lebih detil atas Borobudur diterbitkan, dilanjutkan edisi terjemahannya dalam bahasa Prancis setahun kemudian. Pada tahun 1873 Foto pertama monumen ini diambil pada 1873 oleh ahli engrafi Belanda, Isidore van Kinsbergen.

Untuk waktu yang cukup lama Borobudur telah menjadi sumber cenderamata dan pendapatan bagi pencuri, penjarah candi, dan kolektor "pemburu artefak". Kepala arca Buddha adalah bagian yang paling banyak dicuri. Karena itulah kini di Borobudur banyak ditemukan arca Buddha tanpa kepala. Kepala Buddha Borobudur telah lama menjadi incaran kolektor benda antik dan museum-museum di seluruh dunia.

Pada 1882, kepala inspektur artefak budaya menyarankan agar Borobudur dibongkar seluruhnya dan reliefnya dipindahkan ke museum akibat kondisi yang tidak stabil, ketidakpastian dan pencurian yang marak di monumen. Namun seorang arkeolog bernama Groenveldt yang ditunjuk pemerintah menggelar penyelidikan menyeluruh atas situs dan kemudian menyarankan agar bangunan ini dibiarkan utuh dan tidak dibongkar untuk dipindahkan.

Pemugaran Candi Borobudur

Sejarah berdirinya Candi Borobudur berlanjut dengan proses pemugaran. Namun sebelumnya Borobudur kembali menarik perhatian pada 1885, ketika Yzerman, Ketua Masyarakat Arkeologi di Yogyakarta, menemukan “Kaki Tersembunyi”. Foto-foto yang menampilkan relief pada kaki tersembunyi dibuat pada kurun 1890/1891. Sehingga pada tahun 1900 Masehi, pemerintah Hindia Belanda mengambil langkah menjaga kelestarian monumen ini.

Maka dibentuklah komisi yang terdiri atas tiga pejabat untuk meneliti monumen ini yang terdiri dari :

1. Brandes, yaitu seorang sejarawan seniman
2. Theodoor van Erp, yaitu seorang insinyur dan tentara Belanda
3. Van de Kamer, yaitu seorang insinyur ahli konstruksi bangunan dari Departemen Pekerjaan Umum.

Pada tahun 1902, komisi ini mengajukan proposal tiga langkah rencana pelestarian Borobudur kepada pemerintah, diantaranya:

Pertama, bahaya yang mendesak harus segera diatasi dengan mengatur kembali sudut-sudut bangunan, memindahkan batu yang membahayakan batu lain di sebelahnya, memperkuat pagar langkan pertama, dan memugar beberapa relung, gerbang, stupa dan stupa utama.